ハムスターの病気が発覚したときは、すでに症状が進行してしまっている事が多く、ハムスターが健康なときから係り付け医を見つけておいて、すぐに対処できるようにすることが大切であり、生き物を飼う上での責任でもある。病気対策は予防が基本である。
ちゃんとした食事を与え、水も毎日取り替え、ケージ内も清潔に保っておく。特に肥満は体の小さいハムスターにとって心臓への負担が大きい。肥満の程度は個体によっても異なる。
1956年、ハムスターが風邪に感染することが発見された。それまで、風邪のウイルスに高い感受性を示す小型の実験動物は知られていなかったため、この発見によって風邪に関する研究が大いに発展した。
だがハムスターも人によっては特有のアレルギーを誘発し、稀なケースとしては2004年9月に日本人の男性がハムスターに噛まれたことによりアナフィラキシーが発生、更に持病であった気管支喘息を誘発し死亡した。
